A UNIFEI possui, atualmente, 2 (duas) Fundações de Apoio credenciadas junto ao Ministério da Educação e ao Ministério de Ciência, Tecnologia, Inovações e Comunicações, sendo:

Fundação de Apoio ao Ensino, Pesquisa e Extensão de Itajubá (FAPEPE), situada na Avenida Paulo Carneiro Santiago, 472 – Pinheirinho – CEP 37.500-191 – Itajubá-MG.

Fundação de Pesquisa e Assessoramento à Indústria (FUPAI), situada na Rua Xavier Lisboa, 27 – Centro – CEP 37.501-042 – Itajubá-MG.