Os docentes do instituto estão organizados em grupos de ensino, pesquisa e extensão, os GEPE’s. Cada GEPE atua em uma ou mais áreas do conhecimento, buscando cumprir a missão do IMC.
- Teoria Qualitativa das Equações Diferenciais
- LUMI – Laboratório de Usabilidade e Mídias Interativas
- VisCAp – Grupo de Visão, Sistemas de Computação e Aplicações
- Grupo de Pesquisa em Matemática e Aplicações
- Tecnologia da Informação para o ensino de Ciências
- Grupo de Pesquisa em Educação Matemática e Práticas Educativas
- CEDSOL – Centro de Estudos e Desenvolvimento de Software